水の配分を司る天之水分大神を主神とし7柱を祀っている。
「みくまり」が訛って「みこもり」となり、子授けの神としての信仰を集めている。
社殿は慶長9年（1604）、この社の霊験によって誕生したとされる豊臣秀頼によって再建されたもの。
建物は桃山時代の美しい特色を今に伝えており、三殿一棟造りの本殿（重要文化財）、拝殿（重要文化財）、幣殿（重要文化財）、
楼門（重要文化財）、回廊（重要文化財）からなる。
社宝として、非公開ではあるが鎌倉時代作の木造玉依姫命坐像（国宝）がある。